Detalles del proyecto
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Responsable(s) del proyecto
Dr. Ulises Olivares Pinto
El estudio de secuencias de ADN y aminoácidos permite comprender los procesos biológicos de los seres vivos a través del estudio de las estructuras moleculares. Muchos de los estudios de biología molecular en la actualidad se basan en el estudio de nuevas secuencias a partir de secuencias previamente conocidas. En general, una gran similitud en las secuencias implica una gran similitud estructural, por consiguiente, similitud funcional entre moléculas.
El proceso de comparación entre secuencias, consiste en identificar qué partes de estas secuencias son similares y qué partes son distintas. El método más común para comparar secuencias entre sí es conocido como alineamiento, y consiste en la subdivisión de las cadenas a comparar en pequeñas subsecuencias, insertando espacios en blanco en una y otra, de forma tal que sus caracteres en común se encuentren ubicados específicamente en la misma posición en ambas secuencias, identificando las subsecuencias en común. A este proceso se le conoce como alineamiento por pares, cuando más de dos secuencias a comparar están involucradas, se conoce como alineamiento múltiple de secuencias. Este último tipo de alineamiento constituye un reto, debido a que comparaciones múltiples sobre bases de datos con miles de secuencias toma un gran tiempo de ejecución.
El presente proyecto se basa en la implementación paralela de alineamientos múltiples de secuencias de ADN o proteínas, empleando Unidades de Procesamiento Gráfico (GPUs) con la finalidad de disminuir el tiempo total de cómputo.